随着设施面积的增加，设施农业综合技术的应用也有了很大的进步：蔬菜、瓜果新品种的引进和推广，提高了产品的产量和质量。节水灌溉技术降低了温室内的空气湿度，病虫害综合防治技术的应用减少了病害的发病几率。无公害栽培技术的推广，提高了产品的质量。此外，立体栽培（间作套种）、无土栽培、四位一体滔气技术的应用，西瓜、甜瓜、黄瓜及茄子的嫁接育苗技术，生物防治技术，昆虫人工授粉等，都取得了很大的技术进展。新品种、新技术的广泛使用，大大提高了温室的栽培水平和经济效益。实践证明，只有多种经营方式综合使用，设施农业才能取得好的经济效益。因此温室多种经营是提高设施农业生产水平和经济效益的必由之路。
为了提高温室生产的效益，走综合经营的道路，各地都在探索设施综合利用的方式，经过多年的实践，涌现出一些经济效益好、农民容易接受的生产模式，现将常运用的3种经营模式介绍如下。
蔬菜果树立体栽培
在城市近郊和旅游区发展蔬菜果树立体栽培模式，即桃、李树下间种油白菜、生菜、香菜等速生菜。果品以早熟的鲜食品种为主，如早熟的桃、李、葡萄、杏等。由于禽城市近，主要是赶早上市和鲜销，且种果树比种菜省工，经济效益较高。如阜康市一农民种了2温室油桃，5月初上市，单价超过30元/kg，收入在30万元/hm2以上。近年来，已有不少菜农由单一种果树转向果树与种菜相结合。从各地实践来看，适当发展保护地早熟果品生产，经济效益很明显。主要种植的有油桃、翅桃、葡、杏等。适宣的油桃品种有超红、中油4号、中油5号、瑞光系列等；婚桃品种有瑶池早红等；葡萄品种有巨峰、京亚等；杏品种有凯特杏等。
温室栽培果树要注意人工授粉或搭配授粉树，解决立体栽培架势及幼树间作物种类等问题，同时发展面积要适度。
蔬菜西甜瓜间套作
利用保护设施种植早熟的无籽西瓜和甜瓜，可使农民的收入显著增加。吐鲁番地区菜农在温室内普遍采用蔬荣和西甜瓜的间套作，温室产值在18万元/hm2以上，经济效益明显。利用温室培育无籽西瓜苗，解决了无籽西瓜发芽率低、出苗率低、成苗率低的“三低”技术难题，培育杜苗进行早熟栽培，可避开炎热气候之前的病虫危害。将无籽西瓜和甜瓜苗，在3月中旬定植到温室中，5月中旬即可上市。西甜瓜成熟前，在2株瓜之间点种菜豆等，待西甜瓜收获后，及时浇水、施肥，又可收获1若豆类蔬菜，2若合计，获得的经济效益明显。昌吉农民利用小拱棚种植早熟西瓜，由于西瓜采用的是条施有机肥，在2株西瓜中间点种花生，西瓜收获后在瓜沟上点种萝卜，充分发挥肥料的利用率，可收获3种作物，效益也很不错。
蔬菜西甜瓜间套作
利用保护设施种植早熟的无籽西瓜和甜瓜，可使农民的收入显著增加。菜农在温室内普遍采用蔬菜和西甜瓜的间套作，温室产值在18万元/hm2以上，经济效益明显。利用温室培育无籽西瓜苗，解决了无籽西瓜发芽率低、出苗率低、成苗率低的“三低”技术难题，培育壮苗进行早熟栽培，可避开炎热气候之前的病虫危害。将无籽西瓜和甜瓜苗，在3月中旬定植到温室中，5月中旬即可上市。西甜瓜成熟前，在2株瓜之间点种菜豆等，待西甜瓜收获后，及时浇水、施肥，又可收获1若豆类蔬菜，2若合计，获得的经济效益明显。昌吉农民利用小拱棚种植早熟西瓜，由于西瓜采用的是条施有机肥，在2株西瓜中间点种花生，西瓜收获后在瓜沟上点种萝卜，充分发挥肥料的利用率，可收获3种作物，效益也很不错。
蔬菜食用菌轮作
由于食用菌中含有人体所需要的多种营养元素，在现在这个崇尚健康的社会，各种中高档食用菌成为很受欢迎的时尚食品。木全县农民种植温室阿魏菇收入在在37.5~45.0万元/hm2。米泉的很多农民通过种植双泡菇走上了致富之路，0.03hm2地温室种植3层双孢菇，约500m2，收入在2.5万元以上。我州盛产棉花、水稻、小麦，有大量棉籽壳、稻草、麦草可用于生产食用菌。由于生产食用菌对温室结构要求低，一些土壤结构不适合种菜的地方建的温室，如建在盐碱地上或土层薄的地块上的温室，可种植食用菌进行过渡改造土壤。由于食用菌生产对光照要求不严格，许多食用菌出菇阶段还需要黑暗环境，一些结构不好的老温室可用于种植食用菌。废菌料又是优质的菌蛋白饲料和肥料，可用于育肥牛。还可将出过菇的废菌袋埋入士中，废菌料经过发酵变为有机肥，可改变土壤结构。此种模式是一种良性循环的生态模式。
